शिरडी नगर, महाराष्ट्र राज्य की राजधानी, मुम्बई, से करीब २९६ किलोमीटर की दूरी पर स्थित है। शिरडी तक पहुंचने के लिए हेलीकॉप्टर सेवा भी उपलबध है। चूँकि हैलीपैड शिरडी साईं बाबा संस्थान संचालित करती है, इसलिए हैलीपैड के प्रयोग के लिए आपको शिरडी साईं बाबा संस्थान से अनुमति लेनी पडेगी। शिरडी में सन्‌ २००९ में – ”साईंनगर शिरडी” नामक नया रेलवे स्टेशन का उद्‌घाटन किया गया जो कि शिरडी साईं के समाधि स्थल से महज २ किलोमीटर की दूरी पर स्थित है। शिरडी साईं बाबा संस्थान भक्तों के सुविधार्थ, रेलवे स्टेशन से उन्हें विश्राम गृह तक पहुँचाने के लिए, उन भक्तों के लिए जिन्होंने संस्थान द्वारा संचालित नव निर्मिति विश्राम गृह में पहले से ही कमरे आरक्षित किए हैं, बस सेवा भी उपलब्ध कराती है। (इसके बारे में अधिक जानकारी आपको शिरडी साईं संस्थान की वेबसाइट से उपलब्ध होगी ।)

सन्‌ २०१० तक , भारतीय रेलवे ने चैनई (तमिल नाडु) , मुंबई (महाराष्ट्र) , विशाखापट्‌टनम – सिकंदराबाद से हो कर (आंध्र प्रदेश) और अन्य महत्वपूर्ण शहरों से सीधे रेलगाड़ियां चलाई हैं, जिनका अंतिम गंतव्य स्थान शिरडी है। इसका सीधा अर्थ है कि अब भक्त रेल में बैठ कर सीधे शिरडी रेलवे स्टेशन पहुंच सकते हैं और शिरडी रेलवे स्टेशन से , १० मिनट में ही श्री साईं बाबा के दर्शन हेतु , समाधि स्थल आ सकते हैं। पहले भक्तों को मनमाड़ से बस/टैक्सी सेवा द्वारा शिरडी आना पड़ता था , जिसमें कम से कम १-२ घंटे लग जाते थे। शिरडी आने वाली सभी ट्रेनों में वातानुकूलित कक्ष/वर्ग, प्रथम श्रेणी, द्वितीय एवं तृतीय श्रेणी के बर्थ मौजूद हैं जिससे कि सभी वर्ग के भक्तों को शिरडी पहुंचने में सुविधा हो। मनमाड़ स्टेशन से शिरडी तक का रेल मार्ग का सफर ५८ किलोमीटर है। आप कोपारगांव से भी शिरडी तक ट्रेन में आ सकते हैं जो १५ किलोमीटर की दूरी पर शिरडी से है या फिर आप नासिक से, जो शिरडी से ११९ किलोमीटर की दूरी पर स्थित है, रेल मार्ग द्वारा शिरडी पहुंच सकते हैं। दौंड रेलवे स्टेशन , शिरडी से २०० कि.मी. की दूरी पर है। इन सभी उपरोक्त लिखित स्टेशनों/रेलवे स्टेशनों से शिरडी तक आने जाने के लिए बस सेवा (सरकारी और निजी, दोनों ही) और टैक्सी सेवाएं (सिर्फ निजी) भी उपलब्ध हैं।
आप शिरडी बस से भी आ सकते हैं। आप महाराष्ट्र राज्य के किसी भी महत्वपूर्ण शहर जैसे कि मुंबई, पुने, वाशी, पनवेल, थाने, नासिक, अकलुज, धुले, नागपुर और औरंगाबाद से महाराष्ट्र सरकार द्वारा संचालित बस सेवा का प्रयोग कर सकते हैं जो शिरडी को इन स्थलों से जोड़ती हैं। फिलहाल , राज्य सड़क मार्ग नगर-मनमाड सड़क का ४ लेन सड़क मार्ग बनाने का कार्य बीओट के आधार पर शुरू है, जिसके कि सन्‌ २०१० के मध्य तक पूरे हो जाने की आशा है। महाराष्ट्र स्टेट रोड डेवलपमेंट कॉर्पोरेशन को शिरडी नगर के आंतरिक सड़क मार्ग की दुरुस्ती/बनाने का कार्य दिया गया है। सन्‌ २०१२ तक शिरडी में, ककड़ी के नजदीक, विमान तल का निर्माण कार्य पूरा हो जाएगा।

संस्थान के मंदिर प्रांगण में ही रेलवे आरक्षण की खिड़की/कक्ष है जिससे कि भक्त गण रेलवे आरक्षण सुविधापूर्वक कर सकते हैं व आरक्षण संबंधित इतर मालुमात हासिल कर सकते हैं।

शिरडी तक , महाराष्ट्र राज्य परिवहन निगम और निजी बस चालकों की बस सेवा भी उपलब्ध है। शिरडी तक पहुंचने का बस सबसे सरल माध्यम है। आप, मुंबई विमान तल से सीधे दादर बस स्टैंड तक का टैक्सी में सफर सिर्फ १५०-१७५ रुपये में तय कर सकते हैं (आप ध्यान दें कि टैक्सी ड्राइवर अपना मीटर चालू करें)। आप को कई लोग प्राइवेट टैक्सी वालों की तरफ जाने के लिए अक्सर कह सकते हैं , जो इसी सफर, यानि मुंबई विमान तल से दादर बस स्टाप का सफर के लिए ४००-५०० रुपये किराया वसूलते हैं। दादर बस स्टैंड पर आप देखेंगे कि शिरडी तक जाने वाली बसों के आरक्षण की खिड़कियां बनी हैं। आप चाहें तो, ३०० रुपये में वातानुकूलित बस में शिरडी तक का सीधा सफर कर सकते हैं। यदि आपको शिरडी तक सीधे आने वाली बस में जगह न मिले तो आप थोड़े लंबे रास्ते से शिरडी जाने वाली साधारण बस में बैठ कर सिर्फ १५० रुपये में शिरडी आ सकते हैं। मुंबई से तकरीबन हर ३ घंटे के अंतराल में , शिरडी के लिए , बस सेवा उपलब्ध हैं। इस लिए , आपको शिरडी पहुंचने के लिए ज्यादा इंतजार नहीं करना पड़ेगा। शिरडी तक के सफर के दौरान, यह बसें सफारियों की सुविधा हेतु, उनके खानपान हेतु करीबन दो जगह मांसहारी रेस्टोरेंट में रुकते हैं । इसलिए आप अपने सफर शुरू होने के पूर्व ही कुछ स्नैक्स, आहार व सीलबंद पानी की बोतलें सफर के लिए, अपने साथ लें। यात्रा के दौरान अपने सामान पर नजर रखें और सुनिश्चित करें कि आप सुबह ११ बजे के पहले ही शिरडी जाने वाली बस में रवाना हो जाएं ताकि आप शिरडी देर से ना पहुंचें।

हैदराबाद से भी शिरडी के लिए बस सेवाएं उपलबध हैं। हाल ही में, ३० अगस्त को, आंध्र प्रदेश के मुखय मंत्री श्री के. रसिया ने सिकंदराबाद में, वाय.एम.सी.ए. कॉम्पलेक्स, सरदार पटेल मार्ग में श्री शिरडी साईंबाबा संस्थान ट्रस्ट के एक जानकारी केंद्र का उद्‌घाटन किया जो कि बड़ी तादाद में आंध्र प्रदेश से आने वाले भक्तों को शिरडी संबंधी, दर्शन, आरक्षण संबंधी सभी जानकारी उपलब्ध कराने में सहायक होगी। सिकंदराबाद स्थित राधास्वामी फाउंडेशन ने , इस कार्य हेतु ३२०० स्क्वेयर फीट जमीन मुहिया करायी है और श्री शिरडी साईं बाबा संस्थान ने २५ लाख का फर्नीचर इत्यादि की स्थापना की है। संस्थान के कारभारी के मुताबिक , इस सूचना प्रसार केंद्र में संस्थान द्वारा प्रकाशित सभी किताबें, पवित्र ग्रंथ श्री साईं सत्‌ चरित्र, आरती की सीडी आदि भी उपलबध होंगी। आंध्र प्रदेश देश का पहला राज्य है जहां श्री शिरडी साईं बाबा सूचना प्रसार केंद्र स्थापित किया गया है। संस्थान का पांच अन्य शहरों में भी , भक्तों के सुविधा हेतु , ऐसे सूचना प्रसार केंद्र स्थापित करने का विचार है।